Das Hessische Innenministerium ist nach dem Ministerbüro in acht Abteilungen organisiert.
| Abteilung Z | Zentralabteilung |
| Abteilung I | Dienstrecht, Tarifrecht |
| Abteilung II | Rechtsabteilung |
| Abteilung LPP | Landespolizeipräsidium |
| Abteilung IV | Kommunale Angelegenheiten |
| Abteilung V | Brand- und Katastrophenschutz, Krisenmanagement |
| Abteilung VI | Sport |
| Abteilung VII |
Cyber- und IT-Sicherheit, Verwaltungsdigitalisierung |
| Stabsstellen |
Stabsstelle Expertenstab zur Neustrukturierung der Spezialeinheiten (SE) Hessen Stabsstelle Fehler- und Führungskultur Polizei Kommunales Beratungszentrum Hessen - Partner der Kommunen Stabstelle Gemeinsam Sicher In Hessen Stabsstelle Corona / Koordinierung Verwaltungsabläufe Stabstelle Landesbeauftragte für Heimatvertriebene und Spätaussiedler |